生物堵塞。作物的根系入侵滴灌出水孔，或灌溉水中藻類及其他微生物的生長而引起的堵塞。作物根系的向水性及不均衡灌溉，會導致根系向滴灌出水孔生長，并伸入出水孔造成堵塞。如果灌溉水中藻類等生物含量豐富，滴灌系統又經常結合施肥灌溉，肥料池等避光設施又不到位，容易造成微生物大量繁殖，將滴灌內壁覆蓋堵塞。